Installing and Setting R environment variable in Windows

R 是一個 open source 的統計軟體，可以安裝在各種不同平台中，在 Windows 系統安裝過程相當簡單，只要下載 for Windows 版本，然後 " 下一步  >> 下一步" 就可以完成，寫這篇文章主要是要說明如何設定環境變數，讓自己可以管理自己所寫的程式碼、文件及引用常用的 library，未來系統更新時，這些重要的資料才不會因為更新版本而遺失，或者需要重新再次安裝 library。

R for Windows 的安裝程式內含 Windows x86 or x64 版本，預設是兩種版本全部安裝，安裝過程中可以使用 custom 來選擇安裝適合自己 Windows 的版本。另外， Message Translate 是翻譯的文件，是中文版的使用者翻譯文件介面，依照個人的喜好，選擇是否安裝；若安裝這個語言的套件後，也可以在 RGui Console 中： Edit >> GUI Preferences >> Language for menus and messages >>  輸入 en 做設定，必須注意：設定完 GUI Preferences 內的設定值需要將 Rconsole 檔案儲存在 HOME 的目錄，預設是 C:\Users\username\Documents 目錄，要更改 HOME 目錄，請繼續讀下面的文章。

安裝完成後開啟 Rgui.exe，在 Rgui 的 console 輸入：

>??startup

其中有一段文章：

R searches for site and user files to process for setting environment variables. The name of the site file is the one pointed to by the environment variable R_ENVIRON; if this is unset, ‘R_HOME/etc/Renviron.site’ is used (if it exists, which it does not in a ‘factory-fresh’ installation). The name of the user file can be specified by the R_ENVIRON_USER environment variable; if this is unset, the files searched for are ‘.Renviron’ in the current or in the user's home directory (in that order)

上面的文章是說明 R 環境變數的尋找順序，：  
R_ENVIRON > R_HOME/etc/Renviron.site > R_ENVIRON_USER

可以在 Rgui console 中輸入下列的指令來查看預設的環境變數：
> Sys.getenv("R_ENVIRON")
[1] ""
 > Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")
[1] ""
> Sys.getenv("R_HOME")
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-32~1.4"
> Sys.getenv("R_USER")
[1] "C:\\Users\\ASUS F6S\\Documents"
> Sys.getenv("HOME")
[1] "C:\\Users\\ASUS F6S\\Documents"

在 R help 中有一份 R for Windows FAQ 的文件，其中
 2.14 What are HOME and working directories? 有一段話：

The home directory is set as follows: 

If environment variable R_USER is set, its value is used. Otherwise if environment variable HOME is set, its value is used. After those two user-controllable settings, R tries to find system-defined home directories. It first tries to use the Windows "personal" directory (typically C:\Users\username\Documents).

知道以上的這些預設的環境變數值及 Windows 的 HOME 目錄的設定順序，就可以提供我們可以規劃將 R 安裝程式與自己開發的程式碼、 library分開儲存，未來版本升級時，才不會覆蓋掉以前自己開發的程式碼、library 與設定值。我將以自己的規劃為例，來說明如何設定 R 環境變數，如果這些規劃不適合你的開發環境，請自行做調整。

安裝完成後，使用 Sys.getenv() 取得環境變數值，由上面的預設值可以知道 R_ENVIRON,
 R_ENVIRON_USER 都尚未設定，這是正常的結果；此外，R_HOME/etc/ 目錄也沒有
Renviron.site 這個設定檔，所以完全可以自由的依照個人喜好來設定。那麼，我規劃將 R_HOME 還是維持原來的預設目錄，當版本更新時，可以直接 uninstall 後再安裝新的版本；但是，我希望將 HOME 的目錄改成 D:/elvis/home/R/etc 目錄，這樣的做法是希望開啟 Rgui Console 時，不要讀取在 R_HOME 中的 Rconsole 預設值，而是讀取 HOME 目錄中的 Rconsole 設定值；WorkSpace 及 Library目錄分別要設成 D:/R/workspace, D:/R/lib 目錄，讓 .RData, .Rhistory 檔案儲存在 workspace 目錄，不要存到 HOME 目錄。

要設定上面所規劃的目錄，首先要設 R_USER 值，然後把 Renviron, Rprofile 檔案儲存到 R_USER 所設定的目錄，這樣就可以將 HOME 改成 R_USER 所設定的目錄。另外，把 Rconsole 有儲存到 R_USER 所設定的目錄，Rgui console 的設定值就會讀取 R_USER 目錄的 Rconsole 設定值。

實際的設定步驟如下：

• 系統 >> 進階系統設定 >> 環境變數 >> 使用者環境變數 >> 新增變數名稱 R_USER，變數值 D:/elvis/home/R/etc/
• 開啟文字編輯器(Brackets)，編輯 .Renviron 檔案：

         WORK=D:/R/workspace
         R_LIB=D:/R/lib

• 編輯 .Rprofile 檔案：

        WD = Sys.getenv("WORK")
        setwd(WD)

• 開啟 Rgui.exe console >> 編輯 >> 偏好設定 >> 將 font size 設定 14pt, Language for menus and messages 設成 en

 注意事項：

• 在 Windows 檔案總管中無法更改或使用 .Renviron, .Rprofile 檔名，必須在 Brackets 編輯器存檔時，把檔名存成 .Renviron, .Rprofile
•  設定目錄的符號是 / ，不是 Windows 的 \ 符號
• 曾經嘗試將 R_USER 設到 Google 雲端硬碟，但是，Rgui console 在 getwd() 時會出現亂碼，導致 setwd()無法讀取中文的目錄名稱，Rgui console 可能需要再做進一步的設定，設定 utf-8 的環境

另外一種設定環境變數的方式是：在使用者環境變數內，直接指定 R_ENVIRON_USER, R_PROFILE_USER 到特定的檔案，即

R_ENVIRON_USER = d:/elvis/home/R/etc/Renviron
R_PROFILE_USER = d:/elvis/home/R/etc/Rprofile

完成以上的]環境設定，R 與 Emacs 及 LaTeX(XeLaTeX) 可以結合再一起，在 LaTeX(XeLaTeX) 可以讀取 R 程式碼及繪圖，這些設定也是未來開發 R 程式設計師需要完成的工作，讓自己有一個整合的開發環境，以提高開發的效率。