Making slide with Slidify

update:

slidify 原作者的套件對於 utf-8 編碼有問題，無法產生 utf-8 編輯的 index.Rmd 檔案，參考[5] 的文件，使用他的版本可以解決中文 utf-8 的問題。

>require(devtools)
>devtools::install_github('junjiemao/slidify')

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以前使用 reveal.js 製作 Slides，最近使用 deck.js，Rémi Emonet 加入了一些 extension，這些都是使用 HTML or Markdown 來寫 slide。另外，Slidify 是結合 R 環境，使用 R Markdown 來撰寫 slide 的套件，在它自己網站上寫著：


Slidify: Reproducible HTML Slides from R Markdown

Slidify 內含許多 HTML5 Slide Framework：

1. Google IO2012
2. DeckJS
3. RevealJS
4. FlowtimeJS
5. ImpressJS
6. Landslide
7. DZSlides
8. Shower
9. Showoff
10. FathomJS
11. HTML5Slides
12. Slideous

以上各種 slide framework 的範例可以在 Ramnath Vaidyanathan 作者的 GitHub repo.中找到實際的例子。 安裝步驟：

1. 安裝 devtools，R Console 中輸入： install.packages("devtools")
2. 載入 devtools 套件：require(devtools)
3. install stringi packages: >install.packages("stringi")
4. install magrttr packages: > install.packages("magrittr")
5. 安裝 slidify: >install_github('ramnathv/slidify')
6. 安裝 slidifyLibraries: >install_github('ramnathv/slidifyLibraries')
7. 載入 slidify Library: >library(slidify)
8. 建立 testSlidify 目錄及 slides: >author("testSlidify")
9. 編輯 slides 內容 
10. 產生 slides 檔: >slidify('index.Rmd')

如果安裝時，有版本衝突，出現 ERROR: dependency 'knitr' is not available for package 'slidify'，無法安裝 knitr packages，可以再安裝 install.packages('packrat') 來管理版本的稱圖問題。

當下一次要編輯 slides 時，必須要重新載入 slidify, slidifLibraries 兩個 library，並且再次 author('dirName') 以及 sildify('index.Rmd') 檔案:

1. >library(slidify)
2. >library(slidifyLibraries)
3. >author('dirName')
4. >sidlify('index.Rmd')

index.Rmd 檔案是產生 Slide 的主要檔案，檔頭是使用 YAML 格式來指定使用哪種 Framework, theme, widgets, logo 等資訊，YAML 的檔頭如下：
 ---
title       :  Test Slidify
subtitle  : the subtitle
author    : Your Name
job         :
framework   : io2012        # {io2012, html5slides, shower, dzslides, revealjs, impressjs...}
highlighter : highlight.js  # {highlight.js, prettify, highlight}
hitheme     : tomorrow      #
widgets     : [mathjax, quiz, bootstrap, interactive] # {mathjax, quiz, bootstrap}
ext_widgets : {rCharts: [libraries/nvd3, libraries/leaflet, libraries/dygraphs]}
mode        : selfcontained # {standalone, draft}
knit        : slidify::knit2slides
logo        : LogoFilename  # logo should be put in  assets/img  directory
biglogo     : logoFilename
assets      : {assets: ../../assets}

YAML 格式主要是以 : 作為分界，作為屬性與屬性值的設定。

接著是以三個 ---以及緊接著一個空白行作為 slide 的開始，然後再以 RMarkdown 語法來編輯slide 的內容，RMarkdown 的語法可以參考 R Markdown 網站[3] 的 Slide Presentation 的文件，在每一個 slide 的開始，就是 --- 的後面是設定這張 slide 的樣式，以{}含括起來，內部是類別、id 、 以及使用 & 符號來設定不同 layout 的樣式，底下是一個簡單的 index.Rmd 範例：

--- &twocol w1:40% w2:60%
## Two Column Layout 
This slide has two columns

*** left

- list 1
- list 2
- list 3

*** right

- list 1
- list 2
- list 3
這個  twocol 的 layout 是在 io2012/layout 的目錄，換言之，只要 include 某個 framework 就可以設定它內部的 layout 樣式，而 layout 的樣式可以自行設計不同的 layout，layout 的設計參考作者 workshop 的文件[1]，下載 workshop 的檔案，檢視原始程式碼來設定不同 slide 的 layout 的樣式。

另外，在 slidify tutorial[4]的原始程式碼、R Markdown 的 slide Presentation 文件可以做為製作 slide 的參考。

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[1] http://slidify.github.io/workshops/
[2] http://slidify.github.io/playground/
[3]  R Markdown 網站 
[4] https://github.com/jvcasill/slidify_tutorial 
[5] http://blog.hatmatrix.me/cn/r/slidify-mojibake/